Quality report of the IPBES IAS bibliography

Bibplography

Bibliography Setup

The bibliography is loaded and the DOIs, ISBNs and ISSNs are extracted.

Introduction

This report assesses the following in regards to the provided bibliography named bibliography:

• “cleanliness” of bibliography, regarding DOIs,

  • number of DOIs
  • duplicates
  • Syntactically valid
  • existing
  • retracted
  • …

• other identifiers by proportion

• geographic distribution by institute

• Open access status

• statistics about the most cited journals, publication dates, …

• VOSViewer based visualisations

• OpenAlex topics

• year of publication

• …

• Download works by ISBN and ISSN

Remarks: - Group ID is in the json, but not in the csv. The group ID makes it possible to directly jump to the reference in the Zotero Library online.

Data Quality of the Bibliography

Cleanliness of bibliography

One measure of the cleanliness of a Bibliography is assessed by checking the number of references that have a DOI. The following table gives an overview over some numbers regarding the DOIs, ISBNs and ISSNs in the bibliography.

Entries with DOIs, ISBNs or ISSNs

To identify a reference, the most widely used identifier is the DOI. The following table shows the number of references with a DOI and the number of unique DOIs.

To consider duplicate ISBNs or ISSNs as duplicates entries in the library is not waranted as e.g. differenc chapters of a book can be separate entries in the library and therefore lead toi duplicates.

• DOIs: 7170 (62.6803042%) - 1051 duplicates
• ISBNss: 786 (6.87123%) - 185 duplicates
• ISBNss: 6874 (60.0926654%) - 5489 duplicates

The following DOIs are duplicates in the bibliography. This table should be empty.

#|
if (sum(duplicated(bibliography$dois)) > 0) {
    data <- data.frame(
        Type = "doi",
        Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', bibliography$dois[duplicated(bibliography$dois)], bibliography$dois[duplicated(bibliography$dois)])
    )
} else {
    data <- data.frame(
        Type = "doi",
        Identifier = NA
    )
}

data |>
    knitr::kable(
        caption = "Duplicate DOIs in the Bibliography",
        escape = FALSE
    )

Duplicate DOIs in the Bibliography

Type	Identifier
doi	10.1016/j.cosust.2012.09.015
doi	10.1017/CBO9781107415324.004
doi	10.1126/science.1111773
doi	10.1146/annurev.energy.30.050504.144248
doi	10.1016/j.cosust.2016.12.006
doi	10.1146/annurev-environ-033110-092827
doi	10.1038/nature14324
doi	10.1126/science.1172460
doi	10.1016/S0306-9192(00)00022-1
doi	10.1525/bio.2010.60.8.4
doi	10.1111/j.1365-2486.2007.01446.x
doi	10.1016/j.ecolind.2013.01.013
doi	10.1007/s11056-012-9350-8
doi	10.1525/bio.2012.62.8.7
doi	10.1016/S0964-5691(02)00119-9
doi	10.1038/nature17174
doi	10.1126/science.1155365
doi	10.1111/gcb.13284
doi	10.1016/j.ecolecon.2008.03.010
doi	10.1029/2011JD017362
doi	10.1007/s10113-015-0785-2
doi	10.1111/j.1442-9993.2006.01597.x
doi	10.1016/j.agee.2008.06.004
doi	10.1111/j.1365-2699.2004.01104.x
doi	10.1016/j.ecoleng.2012.11.007
doi	10.1126/science.1172460
doi	10.2136/sssaj2014.01.0017
doi	10.1016/j.foreco.2010.07.005
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doi	10.1073/pnas.1210595110
doi	10.3368/le.83.4.497
doi	10.1016/S0306-9192(00)00022-1
doi	10.3763/ijas.2010.0583
doi	10.1641/0006-3568(2002)052[0143:PCAUDF]2.0.CO;2
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doi	10.1016/j.jaridenv.2005.03.010
doi	10.1007/s00267-013-0213-7
doi	10.3390/rs70404048
doi	10.1177/0956247807076960
doi	10.1016/j.envsci.2013.07.013
doi	10.1890/140052
doi	10.1111/j.1442-8903.2011.00595.x
doi	10.1002/ldr.756
doi	10.1038/35048558
doi	10.1016/j.cosust.2015.07.004
doi	10.1038/nature14324
doi	10.1016/j.ecolecon.2009.11.002
doi	10.1016/j.forpol.2012.06.007
doi	10.1016/j.ecolecon.2007.07.021
doi	10.1126/science.1111773
doi	10.1016/j.jaridenv.2012.10.020
doi	10.5751/ES-04587-170123
doi	10.1002/ldr.687
doi	10.1073/pnas.1201040109
doi	10.1111/j.1442-8903.2007.00346.x
doi	10.1016/j.jaridenv.2014.05.014
doi	10.1007/s00267-012-9952-0
doi	10.2307/3060385
doi	10.1016/j.gloenvcha.2011.11.006
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doi	10.1111/j.1526-100X.2011.00772.x
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doi	10.1016/j.cosust.2014.11.002
doi	10.1016/S0167-8809(02)00085-3
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doi	10.1007/s10113-014-0616-x
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doi	10.1038/nature15744
doi	10.1016/j.gloenvcha.2009.06.002
doi	10.1002/ldr.2307
doi	10.1111/j.1744-7429.2012.00908.x
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doi	10.1016/j.jaridenv.2014.01.016
doi	10.1002/ldr.2656
doi	10.1002/ldr.2260
doi	10.1037/a0036071
doi	10.1016/j.ecolmodel.2015.07.017
doi	10.1016/j.forpol.2005.10.003
doi	10.1111/j.1475-2743.2009.00236.x
doi	10.1016/j.cosust.2012.09.015
doi	10.2307/2807995
doi	10.1111/rec.12025
doi	10.1016/j.foreco.2008.10.035
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doi	10.1016/j.jaridenv.2014.05.020
doi	10.1016/j.envsci.2007.03.002
doi	10.1080/01431161.2010.512946
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doi	10.1038/nature10452
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rm(data)

DOIs in Open Alex

To validate the existence and validity of the DOIs, we check if the DOIs are in the OpenAlex database.

Of the 6119 unique DOIs in the library, 914 (14.9370812%) are in not in OpenAlex.

data.frame(
    Type = "doi",
    Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', metrics$dois_not_in_oa, metrics$dois_not_in_oa)
) |>
    IPBES.R::table_dt(caption = "dois_not_in_oa")

Of these -5074 are not valid. These are:

data.frame(
    Type = "doi",
    Identifier = sprintf('<a href="https://doi.org/%s" target="_blank">%s</a>', metrics$dois_not_in_oa[!(metrics$dois_not_in_oa %in% metrics$dois_valid)], metrics$dois_not_in_oa[!(metrics$dois_not_in_oa %in% metrics$dois_valid)])
) |>
    knitr::kable(
        caption = "Non Valid DOIs in the Bibliography",
        escape = FALSE
    )

Non Valid DOIs in the Bibliography

Type	Identifier
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doi	10.1641/0006-3568(2001)051[0373:RNLTTG]2.0.CO;2
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doi	10.1111/ele.12101 LK - http://sfx.umd.edu/hs?sid=EMBASE&issn=1461023X&id=doi:10.1111%2Fele.12101&atitle=A+meta-analysis+suggesting+that+the+relationship+between+biodiversity+and+risk+of+zoonotic+pathogen+transmission+is+idiosyncratic&stitle=Ecol.+Lett.&title=Ecology+Letters&volume=16&issue=5&spage=679&epage=686&aulast=Salkeld&aufirst=Daniel+J&auinit=D.J.&aufull=Salkeld+D.J.&coden=ECLEF&isbn=&pages=679-686&date=2013&auinit1=D&auinitm=J
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doi	10.1641/0006-3568(2002)052[0883:UBAC]2.0.CO;2
doi	10.1002/(SICI)1099-145X(199612)7:4<353::AID-LDR239>3.0.CO;2-N
doi	10.1890/1051-0761(2002)012[0937:NEPACM]2.0.CO;2
doi	10.1641/0006-3568(2002)052[0891:thfatl]2.0.co;2
doi	10.1175/1520-0477(1998)079<0815:DDASVA>2.0.CO;2
doi	10.1175/1087-3562(2003)007<0001:arovrd>2.0.co;2
doi	10.1367/1539-4409(2003)003<0044:TIOCCO>2.0.CO;2
doi	10.1175/1520-0450(1995)034<2029:nsoteo>2.0.co;2
doi	10.1641/0006-3568(2006)56[491:dclnii]2.0.co;2
doi	10.1659/0276-4741(2003)023[0362:lualcc]2.0.co;2
doi	10.1890/0012-9658(2000)081[0088:DOSNAC]2.0.CO;2
doi	10.1641/0006-3568(2001)051[0723:CCAFD]2.0.CO;2
doi	10.1890/1051-0761(1997)007[0737:HAOTGN]2.0.CO;2
doi	10.1641/0006-3568(2001)051[0625:RHOREM]2.0.CO;2
doi	10.1641/0006-3568(2005)055[0335:spfrtt]2.0.co;2
doi	10.1890/1051-0761(1997)007[0770:CCHATS]2.0.CO;2
doi	10.1890/1540-9295(2004)002[0191:ELP]2.0.CO;2
doi	51
doi	citeulike-article-id:4423649
doi	10.1002/(SICI)1096-9837(199908)24:8<687::AID-ESP991>3.0.CO;2-#
doi	10.1130/0091-7613(2000)028<0843:OTHOHA>2.3.CO;2
doi	10.1641/0006-3568(2004)054[0817:DCPOD]2.0.CO;2
doi	10.1579/0044-7447(2008)37[254:tsmapo]2.0.co;2
doi	10.1890/1051-0761(2001)011[1261:SBIAUG]2.0.CO;2
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doi	10.1890/1540-9295(2003)001[0038:gshtec]2.0.co;2
doi	10.1890/1051-0761(2002)012[0891:FCSITN]2.0.CO;2
doi	10.1890/1051-0761(1998)008[0559:NPOSWW]2.0.CO;2
doi	10.1641/0006-3568(2004)054[0677:eoiapo]2.0.co;2
doi	10.1641/0006-3568(2005)055[0115:asoior]2.0.co;2
doi	10.1002/(SICI)1099-145X(199603)7:1<57::AID-LDR216>3.0.CO;2-C
doi	10.1641/0006-3568(2006)056[0121:leaefe]2.0.co;2
doi	10.1002/(sici)1099-145x(199706)8:2<95::aid-ldr241>3.0.co;2-k
doi	10.1579/0044-7447(2008)37[241:TVOCWF]2.0.CO;2

TODO Finally we check, if these dois exist but are not ingested into OpanAlex. This is done using the doi.org resolver This is disabled at the moment.

to_check <- bibliography$dois[!(bibliography$dois %in% dois_works)]

dois_valid <- IPBES.R::doi_valid(bibliography$dois)
dois_openalex <- bibliography$dois %in% dois_works
names(dois_openalex) <- bibliography$dois

dois_exist <- IPBES.R::doi_exists(to_check, cache_file = file.path(".", "cache", "doi_exist.rds"))
dois_not_retracted <- IPBES.R::doi_not_retracted(bibliography$dois, cache_file = file.path(".", "cache", "doi_not_retracted.rds"))

sprintf(
    fmt = paste(
        "Number of references: \t\t %d",
        "Number of DOIs: \t\t %d",
        "Number of Duplicate DOIs: \t %d",
        "Number of DOIs in OpenAlex: \t %d ( %f %)",
        "Number of Existing DOIs: \t %d",
        "Number of Retracted DOIs: \t %d",
        "Percentage of Duplicate DOIs: \t %f",
        sep = "\n"
    ),
    nrow(bibliography),
    sum(!is.na(bibliography$dois)),
    length(bibliography$dois) - length(unique((bibliography$dois))),
    sum(dois_openalex), 100 * sum(dois_openalex) / nrow(bibliography),
    sum(dois_exist),
    sum(!dois_not_retracted),
    ((dois_valid |> unique() |> length()) / length(dois_valid)) |> round(digits = 3) * 100
) |> cat()

oldopts <- options(knitr.kable.NA = "")
data.frame(
    metrics = c(
        "# References",
        "**DOI**",
        "# DOIs",
        "# Duplicate DOIs",
        "# Existing DOIs",
        "# Retracted DOIs",
        "% Duplicate DOIs",
        "**ISBN**",
        "# ISBNs",
        "# Duplicate ISBNs",
        "**ISSN**",
        "# ISSNs",
        "# Duplicate ISSNs"
    ),
    Value = c(
        nrow(bibliography),
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$dois)),
        length(bibliography$dois) - length(unique((bibliography$dois))),
        sum(dois_exist),
        sum(!dois_not_retracted),
        ((dois_valid |> unique() |> length()) / length(dois_valid)) |> round(digits = 3) * 100,
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$isbns)),
        length(bibliography$isbns) - length(unique((bibliography$isbns))),
        NA,
        sum(!is.na(bibliography$issns)),
        length(bibliography$issns) - length(unique((bibliography$issns)))
    )
) |>
    knitr::kable(
        caption = "Cleanliness of the Bibliography",
    )
options(oldopts)

Contentual and Bibliographic analysis

Publication types

bibliography$bibliography |>
    dplyr::group_by(
        Item.Type
    ) |>
    dplyr::summarize(
        count = n()
    ) |>
    dplyr::arrange(
        desc(count)
    ) |>
    knitr::kable()

Item.Type	count
journalArticle	8681
book	1343
report	704
bookSection	479
manuscript	108
conferencePaper	99
thesis	25

Year of Publication

params$figure_pub_year

NULL

Access Status of References

This is checked by using the OpenAlex retrieved works. Therefore it is li=mited to the works that are on OpenAlex. At the moment, only references with a DOI were retrieved from OpenAlex.

params$figure_oa_status

NULL

50 Most often cited Journals

params$figure_top_journals

NULL

This table contains all Journals as specified in the Zotero database.

params$figure_top_journals_data |>
    IPBES.R::table_dt("cited_journals")

TODO Coutries of Institutes of all authors

This plot only contains the countries with more than 10 references.

#|
#| fig-height: 10
#| fig-width: 10

params$figure_top_countries

This table contains all countries and the number of authorship.

params$figure_top_country_data |>
    IPBES.R::table_dt("top_countries")